Gobelsburg hat eine rund 4000 Jahre alte Besiedlungsgeschichte, die durch Keltische Keramikfunde belegt wird.  In Urkunden wird der Name erstmals im Jahr 1074 erwähnt, als ein Urvater der Kuenringer - Azzo de Gobatsburich - in einem Schenkungsvertrag als Zeuge genannt wird. Das Stift Zwettl im nördlichen Niederösterreich, ebenfalls eine Stiftung der Kuenringer, ist der heutige Eigentümer des Schlosses. Bis ins 12. Jahrhundert blieb das Schloss Gobelsburg aber im Besitz des Stammes der Kuenringer und durchwanderte in Folge insgesamt 18 verschiedene Adels- und Landadelsgeschlechter, bis schließlich Otto Ferdinand Freiherr von Hohenfeld 1693 die Herrschaft übernahm. Nach seinem Tode im Jahr 1716 baute sein Sohn - Otto Achaz von Ehrenreich - 1725 das Renaissanceschloss in den heutigen Zustand um. Am 17. September 1740 verkaufte der hochverschuldete Besitzer das Schloss um 40.000 Gulden an das Stifft Zwettl, das im benachbarten Ort Kammern seit 1171 Ländereien und Weingärten besaß ("Steiner Allerheiligenstiftung"; Weingärten am Heiligenstein und Gaisberg). Mit Kauf des Schlosses kamen weitere heute noch im Besitz befindliche Weingärten hinzu. (Steinsetz, Hussen, Sachsenberg etc.). 1784 brannte der Hof des Gutes Kammern ab, der Verwaltungssitz wurden im Anschluss in das Schloss Gobelsburg verlegt.

Beginn des 19. Jahrhunderts umfasst der Weinkeller ein Fassungsvermögen von 1410 Eimer. Dies entspricht in etwas 85000 lt. Wein, der teilweise in das Stift nach Zwettl verbracht, teilweise ab Weingut verkauft wurde. Die Weine wurden auch nicht nach Sorten, sondern nach Herkunft vermarktet. Seit Mitte des 19. Jahrhunderts werden auch die ersten Flaschenfüllungen aufgezeichnet, der Großteil wird allerdings im Kleinfass verkauft.

Bis 1930 kommen auch die Weine der Grangie Nussdorf zu Wien nach Gobelsburg. Dieses Weingut wird dann auf Grund der wirtschaftlich schwierigen Zeiten an das Stift Schotten verkauft. Der alte Wirtschaftshof, der in Form und Aussehen Schloss Gobelsburg sehr ähnelt, ist bis heute erhalten.

In der Zwischenkriegszeit dient das Schloss auch als Lehrlingserholungsheim. Während des 2. Weltkrieges waren französische Kriegsgefangene einquartiert, die das Schloss 1945 in einem trostlosen Zustand zurückließen, und vor allem die wertvolle Vinothek mit Beständen bis vor die Jahrhundertwende zunichte machten.

Pater Bertrand Baumann vom Stift Zwettl, der 1958 die Leitung der Herrschaft Gobelsburg übernommen hatte, war ein ganz ungewöhnlicher Winzer. Es gelang ihm nicht nur den Messwein als einen österreichischen Klassiker zu etablieren, sondern auch das Weingut an die Spitze des österreichischen Weinbaus zu führen. Die Weine aus der Schlossvinothek zeugen heute noch von dieser Größe.

Seit 1. Februar 1996 werden Weingut und Schloss von Eva & Michael Moosbrugger geleitet. Michael Moosbrugger stammt aus einer am Arlberg ansässigen Hoteliersfamilie (Hotel Post in Lech), hat aber schon bald seine Leidenschaft für Wein entdeckt und übersiedelte aus dem Hochgebirge im äußersten Westen Österreichs in das hügelige Gebiet des Kamptals.

Oberstes Ziel ist es, das weinkulturliche Erbe von Schloss Gobelsburg - mit Weingärten, die zu den historisch ältesten Lagen des Gebietes zählen - zu pflegen, weiterzuentwickeln und in die nächste Generation zu führen.